Las dificultades encontradas en la realización de estudios preliminares sobre las armas nucleares en las universidades esparcidas por todo el país indican la necesidad de un laboratorio dedicado exclusivamente a este fin. Así es como en septiembre de 1942 comienza a desarrollarse el Distrito de Ingeniería Manhattan, dentro del Laboratorio Nacional Los Álamos, en Nuevo México.

 

El general Leslie Groves, uno de los altos mandos del ejército estadounidense  a cargo del Proyecto Manhattan, quería un laboratorio central en un lugar aislado para la seguridad, en el que se pudiera mantener a los científicos fuera de la población. El oficial John Dudley, atendiendo a las características que proponía Groves, sugirió Oak City, Utah o Jemez Springs, Nuevo México, pero todos fueron rechazados. Robert Oppenheimer, director científico del Proyecto Manhattan, había pasado mucho tiempo en su juventud en la zona de Nuevo Mexico, y fue el que puso la posibilidad de Los Álamos sobre la mesa. Dudley había rechazado la escuela por no cumplir los criterios de Groves, pero finalmente Groves accedió.

 

Durante los años de desarrollo del Proyecto Manhattan, el laboratorio de Los Álamos ha recibido a miles de empleados, incluyendo muchos científicos ganadores del Premio Nobel. Su ubicación ha sido mantenida totalmente en secreto durante todo este tiempo, siendo su única dirección postal el apartado número 1663, en Santa Fe, Nuevo México.

 

En los años transcurridos desde la década de 1940, Los Álamos fue el responsable del desarrollo de la bomba de hidrógeno, y muchas otras variantes de armas nucleares. Además, este laboratorio es el lugar donde se han gestado varios de los primeros dispositivos atómicos, uno de los cuales se utilizó en la primera prueba nuclear cerca de Alamogordo, Nuevo México, bajo el nombre de "Trinity", en julio de este mismo año. "Little Boy "y" Fat Man ", las armas que fueron utilizados en los ataques sobre Hiroshima y Nagasaki, también tienen sello de este laboratorio.

 

Desde sus inicios,  Los Álamos ha estado vinculado a la Universidad de California. Sin embargo, tanto el rector de la Universidad, Robert Sproul, como el resto de los mandatarios de la misma aseguran que desconocían cuál era el propósito del laboratorio  hasta que los bombardeos atómicos de Hiroshima y Nagasaki se han hecho inminentes.